関連付けがうまくいかない

関連付けるアプリケーションに MKEditor を例にとって説明します。
"（パス）\MKEditor.exe"（半角スペース）"%1"
（例）"c:\program files\MKEditor\MKEditor.exe"（半角スペース）"%1"
でOKだと思います。

おそらく、（パス）\MKEditor.exe と "%1"の間に半角スペースを入れ忘れているのではないかと思いますが、確認して下さい。